Х МІЖНАРОДНА ЛІТНЯ ШКОЛА-КОНФЕРЕНЦІЯ «МОЛЕКУЛЯРНА МІКРОБІОЛОГІЯ І БІОТЕХНОЛОГІЯ»
4 - 20 червня 2015 року
Одеса, Шампанський пров. 2, Біологічний факультет,
каф. мікробіології, вірусології та біотехнології, ауд. 27, 36.
Чт 4 червня
9.00 – 13.00 Реєстрація. Поселення.
13.00 – 13.15 Офіційне відкриття Х Міжнародної Літньої школи.
13.15 – 14.00 Лекція. Президент Товариства мікробіологів України академік НАНУ Підгорський В.С. «Досягнення вітчизняної мікробіології».
Пт 5 червня
9.30 – 10.50 Лекція. Д.б.н. Товкач Ф.І. «Молекулярна генетика і молекулярна мікробіологія. Сучасні наукові концепції в молекулярній мікробіології. Біологічний метроном. Теорія нейтральної еволюції. Адаптивні мутації. Прокаріотно-еукаріотна дихотомія. Сучасні схеми класифікації прокаріотних і еукаріотних мікроорганізмів і вірусів. Домени життя».
11.00 – 13.00 Лабораторне заняття. Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР). Електрофорез продуктів ПЛР.
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 17.00 Лабораторне заняття. Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР). Електрофорез продуктів ПЛР.
Сб 6 та Нд 7 червня
Вихідні дні
Пн 8 червня
8.00 – 9.20 Лекція. Д.б.н. Товкач Ф.І. «Первинна послідовність геномів. Методи встановлення первинної послідовності – сіквенс. Бактеріальна геноміка. Топологія цілісних бактеріальних геномів. Ортологи і паралоги. Кластери ортологічних генів. Концепція «найменшого генома».
9.30 – 10.50 Лекція. К.б.н. Ліманська Н.В. «Agrobacterium tumefaciens: унікальний механізм переносу генетичної інформації в геном еукаріотних організмів»
11.00 – 13.00 Лабораторне заняття. Титрування фагів.
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 17.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts 100)].
Вт 9 червня
8.00 – 9.20 Лекція. Д.б.н. Товкач Ф.І. «Автономні генетичні елементи бактерій. Інсерційні послідовності, транспозони, системи рестрикції-модифікації, плазміди, бактеріофаги, острівки і острови патогенності. Ієрархія і мобільність автономних генетичних елементів, Роль автономних генетичних елементів у формуванні патогенності у бактерій».
9.30 – 10.50 Лекція. К.б.н. Галкін М.Б. «Біоплівки. Структура, молекулярні механізми формування та біологічна роль»
11.00 – 13.00 Лабораторне заняття. Трансформація бактеріальних клітин.
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 16.00 Лабораторне заняття. Препаративне одержання фагових часток. Метод злитного лізису чутливої культури.
16.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts 100)].
Ср 10 червня
8.00 – 9.20 Лекція. Д.б.н. Товкач Ф.І. «Геноміка профагів і островів патогенності. Фагова лізогенна конверсія. Фагові токсини. Концепція «моронів». Острови патогенності і системи секреції ІІІ типу».
9.30 – 10.50 Лекція. К.б.н. Васильєва Н.Ю. «Поняття про кластерний аналіз. Методи кластерного аналізу. Алгоритми прямої класифікації. Визначення кластерів. Алгоритми розрахунку кластерного аналізу, які використовуються в біології. Критерії якості класифікації».
11.00 – 13.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts 100)].
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 17.00 Лабораторне заняття. Концентрування фагових часток методом ПЕГ-преципітації (процедура Ямамото).
Чт 11 червня
8.00 – 9.20 Лекція. Д.б.н. Товкач Ф.І. «Дефектні бактеріофаги і бактеріоцини. Роль у міжбактеріальному антагонізмі. Перспективи використання бактеріоцинів – типування бактерій, біоконтроль бактеріальних популяцій і терапія раку».
9.30 – 10.50 Лекція. Д.б.н. Іваниця В.О. «Сучасний погляд на еволюцію мікроорганізмів».
11.00 – 13.00 Лабораторне заняття. Виділення плазмід. Електрофорез плазмід.
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 16.00 Лабораторне заняття. Виділення фагової ДНК.
16.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts 100)].
Пт 12 червня
8.00 – 9.20 Лекція. Д.б.н. Товкач Ф.І. «Геноміка плазмід. Плазмідні детермінанти патогенності. Вектори на основі плазмід. Молекулярна генетика плазміди pTi – С58 Agrobacterium tumеfaciens. Трансгенні рослини».
9.30 – 10.50 Лекція. К.б.н. Васильєва Н.Ю. «Поняття нумеричної таксономії. Ієрархічні алгоритми. Використання кластерного аналізу в нумеричній таксономії і філогенії».
11.00 – 13.00 Лабораторне заняття. Виділення фагової ДНК. Рестрикційний аналіз.
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 17.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts 100)].
Сб 13 червня
10.00 – 13.00 Лабораторне заняття. Електрофорез фагової ДНК.
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 16.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts 100)].
Нд 14 червня
Вихідний день
Пн 15 червня
8.00 – 9.20 Лекція. Д.б.н. Товкач Ф.І. «Бактеріальні транспозони. ІS-елементи, інтегрони і генетичні касети. Формування множинної антибіотикорезистентності у бактерій. Концепція внутригеномних перебудов – геномний інженерінг».
9.30 – 10.50 Лекція. Thomas Haertlé «Different antifungal strategies of Lactic Acid Bacteria. Low-molecular weight peptides of Lactic Acid Bacteria with antifungal activity».
11.00 – 13.00 Семінар К.б.н. Степанова Т.Ю. «Інфодень програми Горизонт 2020: Light up your research career. Програми мобільности для молодих вчених».
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 17.00 Семінар ОНУ зав. лаб. ІТ і ТЗН Афонін С.А. «Віртуальні лабораторії у біологічних дослідженнях».
Вт 16 червня
8.00 – 9.20 Лекція. Thomas Haertlé «Harnessing of lactic acid bacteria for the reduction of immunogenicities».
9.30 – 10.50 Лекція. К.б.н. Юрченко О.О. «Використання методу секвенування для вивчення вірусів».
11.00 – 13.00 Лабораторне заняття. Електрофорез у поліакриламідному гелі.
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Розділення білків методом вертикального електрофорезу.
Ср 17 червня
9.00 – 10.30 Лекція Jon Bent Kristoffersen (Hellenic Centre for Marine Research, PhD) «An introduction to next-generation sequencing. Methods and practical application. Sequencing technologies, library preparation, shotgun sequencing, metabarcoding, 16s rRNA, metagenomics».
10.40 – 13.00 Лабораторне заняття. Ідентифікація мікроорганізмів за спектром жирних кислот з використанням методу газової хроматографії і системи MIDI Sherlock.
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Ідентифікація мікроорганізмів за спектром жирних кислот з використанням методу газової хроматографії і системи MIDI Sherlock.
Чт 18 червня
9.00 – 10.30 Лекція Anastasis Oulas (Hellenic Centre for Marine Research, PhD) «Bioinformatics: Tools and Insights for Analyzing Next-Generation Sequencing Data for Microbiology studies. Raw data, processed data, OTU, taxonomy assignments, bioinformatic algoritms».
10.40 – 13.00 Лабораторне заняття. Знайомство з основними пакетами програм, які застосовуються у філогенії (програми on-line) Програма аналізу первинної послідовності і побудова на її основі філограм.
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Методи хроматографічного розділення. Принципи рідинної хроматографії. Сучасне обладнання для хроматографії. Іонообмінна та гель фільтраційна хроматографія.
Пт 19 червня
8.00 – 9.20 Лекція. Д.б.н. Патика М.В. «Метагеном ґрунту - різноманітність, структура, функції».
9.30 – 10.50 Лабораторне заняття. Ідентифікація мікроорганізмів за спектром жирних кислот з використанням методу газової хроматографії і системи MIDI Sherlock.
11.00 – 13.00 Лабораторне заняття. Застосування кластерного аналізу при побудові родинних зв'язків.
Побудова філограм за допомогою комп'ютерних програм Множинне вирівнювання як попередній етап при аналізі родинних зв'язків. (пакет MatLab) - I.
13.00 – 14.00 Обід
14.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Застосування кластерного аналізу при побудові родинних зв'язків.
Побудова філограм за допомогою комп'ютерних програм Множинне вирівнювання як попередній етап при аналізі родинних зв'язків. (пакет MatLab) - II.
Сб 20 червня
12.00 – 13.00 Офіційне закриття Х Міжнародної Літньої школи.
З 4 по 20 червня 2015 року на кафедрі мікробіології, вірусології та біотехнології Одеського національного університету імені І.І. Мечникова спільно з Інститутом мікробіології і вірусології імені Д.К. Заболотного НАН України, за підтримки Товариства мікробіологів України імені С.М. Виноградського та Спілки біологів і біотехнологів Одеси проведена ювілейна Х Міжнародна Літня школа «Молекулярна мікробіологія і біотехнологія».
Серед слухачів Літньої школи були молоді вчені та аспіранти з університетів та наукових закладів України з Києва, Одеси, Дніпропетровська, Чернігова.
Лекційний курс Х Літньої школи з молекулярної мікробіології і біотехнології висвітлював питання досягненнь вітчизняної мікробіології, бактеріальної геноміки, геноміки профагів і островів патогености, геноміки плазмід, сучасного погляду на еволюцію мікроорганізмів, методів секвенування наступного покоління, метагеноміки та біоінформатики, антифунгальних властивостей лактобактерій, унікального механізму переносу генетичної інформації Agrobacterium tumefaciens, структури та функцій біоплівок, кластерного аналізу і нумеричної таксономії. Лекції читали: директор ІМВ НАНУ д.б.н. проф., академік НАН України Підгорський В.С., заступник директора ІМВ НАНУ, завідувач відділом молекулярної генетики бактеріофагів, член-кор. НАН України, д.б.н. Товкач Ф.І., проректор, завідувач кафедри мікробіології, вірусології та біотехнології Одеського національного університету імені І.І. Мечникова д.б.н. проф. Іваниця В.О., зав. відділом Національного інституту агрономічних досліджень Франції (INRA, France) проф. Томас Ертле, наукові співробітники Грецького центру морських досліджень Інституту Морської біології, біотехнології та аквакультури (Institute of Marine Biology, Biotechnoloy and Aquaculture, Hellenic Centre for Marine Research, Heraklion, Greece) к.н. Йон Христоферсен, к.н. Анастасис Оулас, науковий співробітник лабораторії індикації особливо небезпечних біологічних патогенних агентів Державної установи Українського науково-дослідного протичумного інституту к.б.н. Юрченко О.О., с.н.с. Біотехнологічного ННЦ ОНУ імені І.І. Мечникова, к.б.н. Васильєва Н.Ю., доцент кафедри мікробіології, вірусології та біотехнології ОНУ імені І.І. Мечникова к.б.н. Ліманська Н.В., н.с. Біотехнологічного ННЦ ОНУ імені І.І. Мечникова к.б.н. Галкін М.Б..
Впродовж двох тижнів на практичних заняттях учасники Х Літньої школи опанували метод полімеразної ланцюгової реакції, методи титрування та препаративного отримання бактеріофагів, виділення бактеріальної, плазмідної та фагової ДНК та білків, рестрикційний аналіз, електрофорез в агарозному та поліакриламідному гелях, сучасні методи рідинної хроматографії, здійснювали трансформацію бактерій плазмідною ДНК, ознайомилися з основними методами біоінформатики та ідентифікації мікроорганізмів з використанням газової хроматографії. Практичні заняття на Літній школі вели наукові співробітники кафедри мікробіології, вірусології та біотехнології і Біотехнологічного ННЦ Одеського національного університету імені І.І. Мечникова - с.н.с., к.б.н. Сергєєва Ж.Ю., с.н.с., к.б.н. Крилова К.Д., с.н.с., к.б.н. Іваниця Т.В., н.с., к.б.н. Жумінська Г.І., доц., к.б.н. Ліманська Н.В., с.н.с., к.б.н. Васильєва Н.Ю., асп. Боброва О., Інституту мікробіології і вірусології імені Д.К. Заболотного НАНУ - завідувач лабораторії, к.б.н. Остапчук А.М., асп. Голубенко О..
У рамках школи проведено семінари з програм мобільности для молодих вчених і демонстрації віртуальних лабораторій у біологічних дослідженнях на (співробітники Одеського національного університету імені І.І. Мечникова с.н.с., к.б.н. Степанова Т.Ю. та завідувач лабораторії ІТ і ТЗН Афонін С.А.).
На урочистому закритті учасники Х Міжнародної Літньої школи з молекулярної мікробіології і біотехнології отримали сертифікати.
Організатори Міжнародної Літньої школи з молекулярної мікробіології і біотехнології запрошують аспірантів та молодих учених взяти участь у ХІ Літній школі, яка відбудеться у травні-червні 2016 року!
